حضرت علی(علیه‎السلام) در نامه‌ای دیگر برای محمدبن ابی‌ بکر و مردم مصر نوشت و به آنان این چنین فرمود:

«ای مردم، شما را به تقوا وصیت می‌کنم و از انجام اعمالی که فردا از آن مورد سؤال قرار خواهید گرفت کوتاهی نکنید، شما در گرو اعمال خود هستید و با آنها حرکت می‌کنید و روزی به آنها خواهید رسید...(12)؛

ای بندگان خدا از مرگ بترسید و اسباب و وسائل و زاد و توشه برای آن تهیه نمایید، مرگ شما را، به جاهای سختی می‌کشاند و حوادث بزرگی در پی دارد... .»(14)

محمد بن ابی‌بکر، یک ماه در مصر توقف کرد و بعد برای کسانی که از بیعت با علی(علیه‎السلام)، خودداری کرده بودند، نامه فرستاد که یا بیایید و بیعت کنید و یا از شهر ما خارج شوید.

اما این گروه از بیعت امتناع کردند و از وی خواستند که به آنان مهلت بدهد، ولی محمدبن ابی‌بکر، پیشنهاد آنان را قبول نکرد. در همین اثنا جریان جنگ صفین پیش آمد، این گروه متمرد وقتی شنیدند که جریان جنگ صفین، به پایان رسید و شامیان به شام و عراقیان به عراق برگشتند، بر محمدبن ابی‌بکر شورش بردند، اما شورش‌های آنان با شکست مواجه شد.

در این میان شخصی به نام "معاویة بن خدیج" به خونخواهی عثمان، قیام کرد.