محمدبن ابی‌بکر، از همان سنین کودکی، با حضرت علیعلیهالسلام آشنا شد، بعد از مرگ ابوبکر، و ازدواج اسماء با حضرت علیعلیهالسلام، محمد در خانه آن حضرت پرورش یافت و از نزدیک با شیوه زندگی امام علیعلیهالسلام و سیره آن حضرت آشنا شد، و این باعث شد که محمد علاقه وافری به حضرت پیدا کند.
حضرت علیعلیهالسلام نیز متقابلاً محمد را دوست می داشت و می فرمود: «محمد از صلب ابوبکر و فرزند من است.»(5)
محمد کم کم در خانه امیرالمؤمنین رشد کرد و معارف دین را بی‌واسطه از آن حضرت فرا می گرفت و از مردان بزرگ روزگار خود به حساب می‌آمد.
یکی از مهم‌ترین حوادث دوران زندگی محمدبن ابی‌بکر، واقعه "یوم‌الدار" یا همان جریان کشته شدن عثمان است که روایات ضد و نقیضی در این باره نقل شده است
در کتاب "استیعاب ابن عبد البر اندلسی"، چندین روایت آمده که محمدبن ابی‌بکر را به عنوان قاتل عثمان معرفی می‌کند، ولی نویسنده استیعاب، در پایان با عنوان صحیح‌ترین روایت، این روایت را آورده که: «اسدبن موسی از محمدبن طلحه روایت می‌کند:
شخصی به اسم کنانه گفت: من در یوم‌الدار، در زمان کشته شدن عثمان حضور داشتم و شهادت می‌دهم که محمدبن ابی‌بکر، عثمان را نکشت، بلکه وارد خانه عثمان شد و عثمان به او گفت: لَسْتُ بصاحبی؛ (من بزرگ‌تر تو نبودم) و با محمد صحبت کرد، بعد از آن محمد از پیش عثمان بیرون آمد، بدون این که به عثمان آسیب برساند.
محمد به طلحه گفت: پس چه کسی او را کشت؟
گفت: مردی از اهل مصر که به او "حیلة بن الأیهم" گفته می‌شود.»(6)
همچنین در کتاب "البدایة و النهایه" آورده که محمدبن ابی‌بکر، عثمان را نکشته، بلکه از کسانی بوده که فقط وارد خانه عثمان شد، بلکه عثمان را مورد عتاب قرار داده که چرا دین خدا را منحرف کردی و سنت رسول خدا(صلی الله علیه و آله) را نابود کردی، ولی پس از مشاجراتی که بین آن دو صورت گرفت، بیرون رفت و عده‌ای از اهل مصر عثمان را کشتند.(7)
وقتی حضرت علیعلیهالسلام محاصره خانه عثمان را دید، به امام حسن و امام حسین علیهماالسلام فرمودند: که خانه عثمان را مورد محافظت قرار دهند، همچنین طلحه و زبیر با دیدن این جریان، فرزندان خود را به این کار گماردند.
در این اثنا مردم که به ستوه آمده بودند، حمله کردند و به سوی خانه عثمان یورش بردند و قصد از بین بردن او را داشتند، در این حین، سر مبارک امام حسن علیهالسلام شکسته شد، به طوری که خون بر سر و صورت حضرت جاری شد و وضع بدی پیدا کرد.
عده‌ای از مصریان به همراه محمدبن ابی‌بکر، از پشت خانه عثمان وارد شدند و کسی متوجه آنها نشد. (8) و البته این جای سؤال است که چطور مردان و غلامان عثمان، متوجه ورود آنها نشدند؟
به هر صورت، عثمان به چنگ مصریان افتاد، محمدبن ابی‌بکر، عثمان را گرفت و به زمین زد و از او پرسید، چرا معاویه به کمک تو نیامد؟
چرا اطرافیانت، تو را یاری نکردند؟
چرا دین خدا را منحرف کردی؟
عثمان به محمد گفت: اگر پدر تو، مرا در این حالت می‌دید، بر من می گریست.
محمد با این سخن، عثمان را رها کرد و از خانه عثمان، بیرون آمد، ولی عده‌ای از مصریان بیرون نیامدند و عثمان را کشتند، که قاتل عثمان، مردی از مصریان، به نام "سودان بن حمران مرادی" بود.(9)